Genom-supercomputer bliver forsinket igen

Illustration: Jesper Stein Sandal
Forsinkelsen påvirker ikke Nationalt Genom Center, oplyser centerdirektør.

Den danske supercomputer Computerome 2.0, der blandt andet skal servicere Nationalt Genom Center, bliver forsinket endnu en gang.

Steen Pedersen, som er underdirektør på Danmarks Tekniske Universitet, oplyste i slutningen af december sidste år til Version2, at man forventede tage computeren i brug inden udgangen af juli i år.

Og tidligere har DTU oplyst til Ingeniøren, at man forventede at Computerome 2.0 blev sat i drift i november sidste år.

Læs også: Stort spring i regnekraft på DTU og KU: Ny supercomputer har 49.120 CPU-kerner

Men computeren er endnu ikke i drift.

»Arbejdet med at implementere den næste generation af Computerome er i fuld gang. Det er en kompleks infrastruktur, og for at gøre det effektivt er ibrugtagningen delt op i faser. Det forventes at starte pilotdrift på dele af systemet i september,« oplyser Steen Pedersen nu i en mail til Version2.

Forsinkelsen påvirker ikke Nationalt Genom Center, oplyser fungerende direktør Peter Løngreen.

Tips og korrekturforslag til denne historie sendes til tip@version2.dk
Følg forløbet
Kommentarer (3)
sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først
Bjarne Nielsen

Er "Computerome" et selvopfundet, dansk ord? Ligesom "elektron regne-hjerne" eller "sekvens kalkulator"?

Jeg læser det altid som "computer-orme" :-O

PS: Og i forsøget på selv at svare på spørgsmålet, kom jeg forbi https://www.computerome.dk/ som nævne "Tryggve" samarbejd. På https://neic.no/tryggve/ kan man bl.a. finde flg.:

Tryggve develops and facilitates access to secure e-infrastructure for sensitive data, suitable for hosting large-scale cross-border biomedical research studies.

"Sensitive data" og "cross-border biomedical research" ... uh! Det tror jeg godt, at jeg vil høre mere om. Det lyder farligt på et helt nyt plan.

  • 6
  • 0
Anne-Marie Krogsbøll

Det tror jeg godt, at jeg vil høre mere om. Det lyder farligt på et helt nyt plan.


God idé til en dybdeborende artikelserie...Jeg er også foruroliget. Det er noget af det, vore skiftende sundheds- og andre ministre kun har udtalt sig om med ikke bare uld, men hele får i mund, når nogen har forsøgt at få klarhed over det. De har gjort sig umage for at få det til at lyde som om, man skam aldrig kunne finde på at dele vore sundhedsdata med udlandet - disse får i mund har efterladt omfattende alternative fortolkningsmuligheder, så ingen kan hænges op på noget...

En kunde hos computerome - endnu engang vor elskede DBDS:
https://bmjopen.bmj.com/content/9/6/e028401

"The study will adhere to the FAIR (http://datafairport.org/: Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) concepts. Within this legal framework, DBDS Genomic Consortium Board can thus decide how and under which conditions the data can be shared. "
https://www.datafairport.org/

Som jeg læser dette, er der åbnet for deling af bloddoner-genom-data til udlandet....Tænk, hvis det er DBDS, som selv kan afgøre, hvem de vil dele ud til? Hvorfor går det uden om Sundhedsdatastyrelsen? Jeg spørger bare? Har bloddonorerne mon gennemskuet, at deres data og genomer også kan ryge til udlandet?

Jeg vil også minde om den grimme historie om Ipsych, som ulovligt sendte særdeles følsomme PKU-data på psykiatriske patienter og kontrolgrupper til Boston:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5754466/
https://www.version2.dk/artikel/86000-danskeres-dna-sendt-usa-uden-kontr...

I ncbi-artiklen fremhæves, at man anser det for meget vigtigt, at der bliver international adgang til disse særdeles følsomme data (som de pågældende ikke har givet tilladelse til at forske i):
"To unravel the foundation of severe mental disorders, it is central that this rich data source is accessible to the international research community to the largest extent possible. It is also paramount to protect the privacy of the individuals included in the study. Owing to the sensitive nature of these data, individual level data can be accessed only through secure servers where download of individual level information is prohibited.49 iPSYCH encourage national and international collaboration. For details, please contact Professor Preben Bo Mortensen, Scientific Director of iPSYCH."

Gad vide, hvordan det går med den deling? Det kan i princippet være dine eller dine børns data og genomer, som via Ipsych farter rundt i verden i form af PKU-blodprøver og dertil udførte Genom-analyser hos Broad i Boston. Hvem holder styr på Ipsychs delen ud af disse særdeles følsomme data? Et gæt: Ingen - andre end Ipsych selv..

  • 3
  • 4
Hans Nielsen

Hvis det er den supercomputer som vi har haft en længere diskution på v2 om.
Så lyder projekt styring og valgt af hardware, lige så dårligt og tåbeligt, som jeg antydet i kommentator tråden den gang.

Man indkøber da ikke EDB "dimser" til lager. Hvis de have ventet med at indkøbe hardware til de var klar, så kunne de have fordobblet antalet af kerner, til den samme pris.

Desuden var valget af CPU, som jeg husker det, noget tåbeligt, da Bundkortene kun kunne bruges til en genneration.

Men jeg håber da jeg tager fejl, eller har allerrede nu, brugt halvdelen af leve tiden, og smidt halvdelen af nyanskafelsen prisen væk.

Måske kan det ligefrem betale sig at smide alt hardware ud, og købe noget nye, baseret på de nye strømbesparende Ryzen CPU fra AMD. Her kan bundkortet også typsik genbruges, i op til 2-3 gennerationer af CPU'er. Især når man tænker på at "super" computeren næsten er forældet inden det tages i brug.

Hvis de have ventet til de var klar, og have mere styr på deres projekt og valg. Så ville de have fået 3-4 gange så mange kerner, til den halve pris og strømforbrug.

Men desvære så blev min mistanke allerede den gang bekræftet. Hvor man tror man billigere kan lave noget selv. I stedet for at alliere sig med et universitet eller andre som har lavet noget tilsvarende, så man fik en hyldevarer. Administrator lød som en, som mente han viste alt, men det vidende hans valg af indkøb ikke om.

  • 0
  • 2
Log ind eller Opret konto for at kommentere